بررسی میانکنش پپتید ضد میکروبی سیکلوویولاسین o2 با غشا باکتری با روش شبیه سازی دینامیک مولکولی

چکیده سیکلوتیدها پپتیدهای کوچک غنی از باندهای دی سولفید هستند که از گیاهان جدا شده اند و دارای طیف وسیعی از فعالیت های زیستی شامل فعالیت ضد میکروبی، ضد تومور، حشره کشی وAnti-HIV می باشند. با توجه به افزایش باکتری های مقاوم به دارو، جامعه ی جهانی در حال رویارویی با یک چالش جدی است و نیازی ضروری به ترکیبات جدید برای درمان بیماری ها احساس می شود. سیکلوتید ها به عنوان پپتیدهای کوچک، پتانسیل بالایی برای تبدیل شدن به ترکیبات دارویی نسل آینده را دارند. در این پژوهش، با هدف بررسی اثر ضد میکروبی سیکلوتید جدا شده از بنفشه ی ایرانی به نام سیکلوویولاسین o2 ،این پپتید را به غشا مدل باکتری نزدیک کردیم و به مدت 200 نانو ثانیه شبیه سازی دینامیک مولکولی انجام شد. آنالیز ها نشان داد که سیکلوویولاسین o2 درکمتر از 20 نانو ثانیه جذب غشا شده و به نظر می رسد ایجاد پیوند هیدروژنی در جذب پپتید به غشا نقش موثری دارد. در طول زمان شبیه سازی پپتید بر سطح غشا مدل باقی مانده و به درون آن نفود نمی کند این در حالیست که حضور پپتید در سطح غشا باعث افزایش بی نظمی در زنجیره های هیدروکربنی می گردد.